在高新認定工作當中出現的問題大抵可以總結如下：
1.不理解、不清楚新政策。不少企業(yè)沒有關注新的高新認定標準，對于新的標準不太了解，在準備資料的過程中，仍然按照往年的思路進行，結果資料不完備，從而導致無法通過認定。
2.不重視本次認定。部分企業(yè)員工受了一些培訓機構的講解后，認為資料準備相對簡單，沒有系統的安排重新認定的準備工作、投入足夠的人力，結果認定準備混亂，資料無法體現企業(yè)材高新資質，最終也無法通過認定。
3.企業(yè)內部工作不能夠協調。高新認定工作涉及財務、技術、人力等諸多部門，由于事前未能統一理解高新認定的新標準，導致部門配合不協調，資料準備不一致，拖延了申報的過程、甚至無法完成年度的申報。
二、自身資質問題
在具體高新認定條件準備中，我們發(fā)現企業(yè)自身資質疑難點主要集中在以下幾個方面：
(一）技術性指標不達標
1.高新領域無法界定。
由于此次高新領域的調整，原有的部分領域被刪除或簡化，同時新的領域在某些部分存在含糊，比如第五大類的“高技術服務業(yè)”，規(guī)定甚為籠統。因此不少企業(yè)無法找到完全貼合企業(yè)產品或技術的領域，從而導致企業(yè)在申報時出現領域選擇不準確而無法通過評審的情況。
2.核心自主知識產權缺乏。
由于中國專利保護力度仍然在完善當中，當企業(yè)擁有了行業(yè)領先的技術后，一般不太愿意進行公開專利申請。這就導致很多企業(yè)雖然具有符合高新領域的技術或產品，其相應的技術等也的確達到國內甚至國際領先水平，但囿于專利申請的限制，依然無法達到高新認定的要求。
3.項目歸集困難。
在本次新標準下，很多企業(yè)進行項目歸集時不能很好的描繪出符合高新領域的要素，導致研發(fā)項目不被評審專家所認可，從而使得該項目相關的費用等被扣除出研發(fā)費用，進而讓企業(yè)出現研發(fā)費用達不到比例的境況。
（二）財務性指標不足
1.研發(fā)費用不足
對于研發(fā)費用歸集，財稅【2006】88號文，財企【2007】194號文均有相關規(guī)定，而本次工作指引最終設定的研發(fā)費用核算范圍與會計準則并不一致，企業(yè)進行費用歸集的時候存在障礙，甚至不少進行專項審計的中介機構在前期也無法明確研發(fā)費用的歸集，這在很大程度上拖延了企業(yè)材高新申報進程。在此，對研發(fā)費用的八個核算范圍詳列如下，以供參考：
（1）人員人工。從事研究開發(fā)活動人員（也稱研發(fā)人員）全年工資薪金，包括基本工資、獎金、津貼、補貼、年終加薪、加班工資以及與其任職或者受雇有關的其他支出。社會保險不被納入此項投入。
（2）直接投入。企業(yè)為實施研究開發(fā)項目而購買的原材料等相關支出。如：水和燃料（包括煤氣和電）使用費等；用于中間試驗和產品試制達不到固定資產標準的模具、樣品、樣機及一般測試手段購置費、試制產品的檢驗費等；用于研究開發(fā)活動的儀器設備的簡單維護費；以經營租賃方式租入的固定資產發(fā)生的租賃費等。
（3）折舊費用與長期待攤費用。包括為執(zhí)行研究開發(fā)活動而購置的儀器和設備以及研究開發(fā)項目在用建筑物的折舊費用，包括研發(fā)設施改建、改裝、裝修和修理過程中發(fā)生的長期待攤費用。
（4）設計費用。為新產品和新工藝的構思、開發(fā)和制造，進行工序、技術規(guī)范、操作特性方面的設計等發(fā)生的費用。
（5） 裝備調試費。主要包括工裝準備過程中研究開發(fā)活動所發(fā)生的費用（如研制生產機器、模具和工具，改變生產和質量控制程序，或制定新方法及標準等）。為大規(guī)模批量化和商業(yè)化生產所進行的常規(guī)性工裝準備和工業(yè)工程發(fā)生的費用不能計入。
（6）無形資產攤銷。因研究開發(fā)活動需要購入的專有技術（包括專利、非專利發(fā)明、許可證、專有技術、設計和計算方法等）所發(fā)生的費用攤銷。
（7）委托外部研究開發(fā)費用。是指企業(yè)委托境內其他企業(yè)、大學、研究機構、轉制院所、技術專業(yè)服務機構和境外機構進行研究開發(fā)活動所發(fā)生的費用（項目成果為企業(yè)擁有，且與企業(yè)材主要經營業(yè)務緊密相關）。委托外部研究開發(fā)費用的發(fā)生金額應按照獨立交易原則確定。認定過程中，按照委托外部研究開發(fā)費用發(fā)生額的80％計入研發(fā)費用總額。
（8） 其他費用。如辦公費、通訊費、專利申請維護費、高新科技研發(fā)保險費等。此項費用一般不得超過研究開發(fā)總費用的10％，另有規(guī)定的除外。
2.高新收入達不到標準
企業(yè)高新產榀的收入一般容易核算。但一些從事高新技術服務的企業(yè)則存在問題，由于原有管理的缺失，許多企業(yè)材技術服務收入并未在技術市場進行登記，或登記的合同實際收入未滿總收入的60%。對于這一情況，在2008年度的認定工作中，各地機構把握的尺度并不統一。以北京為例，科委要求該類企業(yè)在高新申報時必須提供登記合同，而其他很多地方則并沒有如此要求。但可以預見的是，在2009年隨著高新認定工作的進一步完善，技術服務收入的合同必須登記將成為高新申報的必備條件。
（三）其他指標存在問題
在本次認定過程中，有不少企業(yè)組織管理水平欠缺。比較突出的就是許多原本就具有高新資格的企業(yè)并沒有相對完善的研發(fā)組織和管理制度，較多的采取的是粗放式管理，在準備相關資料的時候未能較好的進行提煉整合，使得企業(yè)在此方面不能夠很好的得分。
此外，在科技與研發(fā)人員管理上，也有企業(yè)相對不完善，特別是一些科研院所轉制的企業(yè)，院企不分，導致科技與研發(fā)人員無法確定人數。
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