核算難點
《工作指引》中較明確規(guī)定了直接投入的開支范圍，但企業(yè)實際發(fā)生的研發(fā)費中的材料費品種繁多，部分領(lǐng)料單上亦未寫明具體用于什么研究開發(fā)項目，直接投入的認定和分配缺乏可靠的依據(jù)。
此外，很多申報企業(yè)特別是中小型企業(yè)以前年度并沒有獨立設(shè)置研發(fā)費用科目，發(fā)生的研發(fā)費分別記載于不同的會計科目，如實驗車間成本、管理費用、其他業(yè)務支出、在建工程、專項應付款等，而不同會計科目之間又不存在對申報明細表而言的勾稽關(guān)系。因此，申報企業(yè)將非研發(fā)材料成本計入研發(fā)直接投入中的人為操作空間很大。
應對措施
（1）對于日常生產(chǎn)領(lǐng)用材料和研究開發(fā)領(lǐng)用材料的區(qū)分，除通過重點檢查管理費用、原材料明細賬、原材料購入、發(fā)出、結(jié)存明細表、相關(guān)費用分配表等外，審計人員還可以考慮進行如下分析判斷：
①總量領(lǐng)用的合理性判斷；
②研究開發(fā)材料領(lǐng)用的月均波動情況是否合理；
③領(lǐng)用材料與研究開發(fā)項目的相關(guān)性判斷，必要時可以考慮利用外部專家工作。如，聘請行業(yè)專家，對研究開發(fā)項目有關(guān)直接投入的品種、數(shù)量、質(zhì)量等因素的合理性、相關(guān)性進行評價；
④重點對研究開發(fā)材料所形成的實物成果進行盤點及殘次品的銷售進行綜合判斷。如，電纜生產(chǎn)企業(yè)研究開發(fā)項目領(lǐng)用的銅等重要材料，在考慮殘次品銷售的前提下，需要對期末實物庫存的合理性進行判斷。
（2）對于直接購入的能源、材料等，需要通過檢查購入發(fā)票、運輸單據(jù)、入庫單、領(lǐng)料單等確認其真實性，并聘請相關(guān)行業(yè)專家，確定購入的能源、材料等與研究開發(fā)項目的相關(guān)性。
（3）對動力費用、共同使用的模具、樣品、樣機及一般測試手段購置費等，可以采用工作量等合理的方法，分攤計入各研究開發(fā)項目成本。
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