（1）技術(shù)領(lǐng)域是否屬于管理辦法或工作指引中的領(lǐng)域；
（2）專利權(quán)屬及專利時效確認；
（3）主要產(chǎn)品（服務(wù)）收入占高新收入比例是否超過50％；
（4）申報前后各期數(shù)據(jù)對比及與高新年報數(shù)據(jù)對比；
（5）申報材料各項指標核對。
財政部門：
（1）每年定期對承擔高企審計的事務(wù)所進行底稿等風險檢查，并抽選部分企業(yè)進行延伸檢查；
（2）會計師事務(wù)所行業(yè)協(xié)會自律檢查。
稅務(wù)部門：
（1）申報材料與稅務(wù)申報數(shù)據(jù)是否有沖突
（2）高企認定稅收優(yōu)惠備案檢查；
（3）研發(fā)費用加計扣除備案檢查；
（4）其他相關(guān)稅務(wù)檢查。
二、企業(yè)備查資料
（1）知識產(chǎn)權(quán)證書
（2）科技成果轉(zhuǎn)化證明材料
（3）研發(fā)活動證明材料
（4）研發(fā)費用明細賬及相關(guān)憑證
（5）高新收入證明材料
（6）科技人員證明材料
（7）產(chǎn)學研合作證明材料
（8）檢查部門要求的其他資料
高新技術(shù)企業(yè)稅收優(yōu)惠資格有效期為三年，許多企業(yè)重視申報，忽視資格維持，從而帶來潛在的稅務(wù)風險。根據(jù)《高新技術(shù)企業(yè)認定管理辦法》要求，“科技部、財政部、稅務(wù)總局應(yīng)建立隨機抽查和重點檢查機制，加強對各地高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作的監(jiān)督檢查。”因此，企業(yè)不僅要重視認定時資料的準備，更應(yīng)當注重資格維持，為期滿后重新認定及后續(xù)可能面臨的檢查做好充分準備。
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